鼓樓區(qū)歷史源遠(yuǎn)流長，是南京城區(qū)開發(fā)較早地區(qū)之一，五六千年前就有多處原始村落存在。周顯王三十六年（前333），楚威王熊商在石頭山置金陵邑，此為鼓樓區(qū)境第一個行政建置，也是南京城區(qū)建置之始。秦始皇嬴政三十七年（前210），金陵邑改為秣陵縣，增設(shè)江乘縣，現(xiàn)區(qū)境北部屬江乘縣、南部屬秣陵縣。西漢至唐代，區(qū)境隸屬名稱、地界劃分多有變更。五代楊吳天祐十四年（917）至清末，區(qū)境均為江寧、上元兩縣管轄。明初，筑南京城墻，區(qū)境主體部分圈入內(nèi)城，其余部分也在外廓之內(nèi)。

民國元年（1912）1月，中華民國臨時政府廢上元、江寧兩縣，建南京府為國都。區(qū)境屬南京府 ［民國2年（1913），改稱江寧縣，為江蘇省省會］。

民國16年（1927）4月，國民政府定都南京，改江寧城區(qū)為南京市，區(qū)境屬南京市。

民國22年（1933）3月，南京市分劃自治區(qū)，城區(qū)設(shè)8個行政區(qū)。今區(qū)境時為第六區(qū)、第七區(qū)，是建區(qū)之始。

民國26年（1937）12 月，侵華日軍占領(lǐng)南京后，區(qū)境受日偽管轄，分屬第四區(qū)、第五區(qū)。

民國31 年（1942）4 月，汪偽南京特別直轄市重新劃分城區(qū)為6個區(qū)，以北極閣、華僑路、清涼山一線，沿定淮門、挹江門、金川門至玄武門城墻，劃為“城區(qū)自治實驗區(qū)”（為今區(qū)境部分）。

民國34年（1945），抗日戰(zhàn)爭勝利后，恢復(fù)原第六區(qū)、第七區(qū)建制，為今區(qū)境主體。

1949年4月，南京解放。1950年6月15日，第六、第七區(qū)調(diào)整為新五區(qū)、新六區(qū)（后習(xí)慣稱為第五區(qū)、第六區(qū)）。新五區(qū)范圍：自中央門、玄武門至新街口，自新街口至漢中門，沿城墻至挹江門，自挹江門沿城墻、護城河至中央門。新六區(qū)范圍：南沿定淮門外明城墻，經(jīng)挹江門、興中門、鐘阜門、新民門、金川門至黑龍江路西，折北寶塔橋西至長江中心線；南至新河二村至長江中心線。

1955年8月3日，第五區(qū)、第六區(qū)分別更名為鼓樓區(qū)和下關(guān)區(qū)。第五區(qū)設(shè)挹江門、三牌樓、中央門、水佐崗、丁家橋、鼓樓、陰陽營、上海路、沈舉人巷9個街道辦事處，第六區(qū)設(shè)三汊河、寶善街、二板橋、商埠街、熱河路、車站、四所村、寶塔橋、三汊河水上9個辦事處，作為區(qū)人民委員會派出機構(gòu)。

1967年3月，鼓樓區(qū)改稱延安區(qū)，下關(guān)區(qū)改稱東方紅區(qū)。

1973年11月12日，延安區(qū)革命委員會、東方紅區(qū)革命委員會分別更名為鼓樓區(qū)革命委員會和下關(guān)區(qū)革命委員會。

1980年 9月、10月，下關(guān)區(qū)革命委員會、鼓樓區(qū)革命委員會先后撤銷，相應(yīng)成立下關(guān)區(qū)人民政府、鼓樓區(qū)人民政府。

1995年4月，南京市區(qū)劃調(diào)整，鼓樓區(qū)區(qū)域四至：東起中央門沿中央路、中山路至新街口，與玄武區(qū)為鄰；南自新街口沿漢中路、鳳凰西街、江東北路到螺絲橋大街，與建鄴區(qū)相連；西自螺絲橋大街沿長江堤岸到劃子村渡口，與雨花臺區(qū)江心洲隔江（夾江）相望；北自劃子村渡口沿定淮門大街過秦淮河沿城墻至挹江門，再沿中山北路，過大橋南路沿金川河、護城河到中央門，與下關(guān)區(qū)接壤。下關(guān)區(qū)區(qū)域四至：東以窯上村十字街為界與棲霞區(qū)相連，東南與玄武區(qū)接壤，南以定淮門大街為界與鼓樓區(qū)毗鄰，西、北以長江為界，與浦口區(qū)相望。

2002年 10月 22 日，寧委發(fā)〔2002〕45 號文，將建鄴區(qū)莫愁湖街道辦事處漢中門大街以北地區(qū)及其建制劃歸鼓樓區(qū)管轄；漢中門大街以南部分劃歸建鄴區(qū)南湖街道辦事處管轄。

2007年3月1日，經(jīng)省、市政府批準(zhǔn)，將建鄴區(qū)興隆街道江東村委會劃歸鼓樓區(qū)管理。兩區(qū)此段行政區(qū)域界線走向為：自漢中門大街中心線與清河路交匯處起，折向西南沿清河大街中心線至規(guī)劃的集慶門大街中心線，折向東沿規(guī)劃的集慶門大街西段中心線至規(guī)劃的燕山路北段中心線，折向北沿規(guī)劃的燕山路北段中心線至漢中門大街中心線。

2013年2月19日，根據(jù)《國務(wù)院關(guān)于同意江蘇省調(diào)整南京市部分行政區(qū)劃的批復(fù)》（國函〔2013〕24號），鼓樓區(qū)、下關(guān)區(qū)合并設(shè)立新的鼓樓區(qū)。